Сначала изучите содержимое папки \system\core\
Там самые классные классы и самые методичные методы.
Проще наверное начать с любого шаблона. Например смотрим в шаблоне есть обращение к методу href_to(). Забиваем поиск и находим данную ф-цию в файле system/libs/html.helper.php и смотрим что она возвращает. И т.д.Проблема в том что в системе же есть классы и методы которые используються и как понять где что и как...