При фильтрации с помощью списка: мультивыбор именно так. Сам список объектов фильтруется, но балуны исчезают с карты. Я так понимаю проблема именно в типе фильтра "мультивыбор", возможно еще если тип "флаг". А на демо сайте вообще все фильтры не работают (в смысле влияют только на список объектов, а балуны на карте пропадают) —
demo2.instantmaps.ru/places/restorany-i-kafe/oteli
Просьба к разработчикам как то прореагировать.