Для решения этой проблемы, на основе мигратора статей от Pasha был допилен мигратор пользователей.
Предварительно нужно перенести таблицу cms_users в базу двойки. Поскольку такая таблица уже есть, нужно переобозвать её в "cms_users1".
Для этого экспортируйте при помощи phpmyadmin таблицу "cms_users" в формате cms_users.sql из базы первой версии сайта, откройте ноутпадом++ экспортированный файл с таблицей "cms_users" и поменяйте оптом все cms_users на cms_users1
Затем импортируйте тем же phpmyadmin таблицу в новую базу на второй версии.
После чего, загрузите в корень сайта файл users_migr.php и запустите его так site.ru/users_migr.php
По отработке скрипта таблица cms_users1 будет удалена.
Прошу учитывать, что поле email имеет уникальный индекс, поэтому импортирована будет только первая запись с неуникальным имейлом, а остальные просто пропущены.
Все пользователи помещаются в группу "пользователи". Распределить пользователей по группам и раздать права администратор должен вручную!