Проблема с IonCube Loader

Причем здесь "вирусы" и "антивирусы" мне вообще непонятно.

Вот и мне не понятно.

4. Что делать в данном случае пока не ясно.
5. Видимо это не ясно не только мне.

А речь идёт вовсе не об этом:

Ну так и спросите у хостера почему ваш сервер вместо того чтобы отправлять зашифрованный файл в Loader, просто вываливает его в браузер. Очевидно же что Loader не работает.

а об этом:

3. 18 файлов, принадлежащих оригинальному релизу, так же расценены как угроза (возможно антивирус принимает за вредоносный код base64).

3. 18 файлов, принадлежащих оригинальному релизу, так же расценены как угроза (возможно антивирус принимает за вредоносный код base64).

Что не понятно, "инъектировали" в файлы Shell. По описанию Вашей проблемы, у вас где-то дыра на сайте. Восстановление ранней версии сайта даёт временный эффект, Потом опять "зловред" устанавливается. Ищите BackDoor, латайте, а потом восстанавливайте "чистую" версию сайта.

jatrader.ru/admin/users

При переходе по Вашей ссылке вот что даёт. Наверное это не просто так. joxi.ru/vDr8GZ7Upkx8A6

Андрей, Вы зайти то куда пытаетесь? На страницу админа доступ к которой запрещен!

Вы зайти то куда пытаетесь?

Просто на сайт. По ссылке в подписи.

А.Саган, и да, антивирус показывает что сайт заражён.

антивирус показывает что сайт заражён.

А теперь то-же самое другими "поисковиками вирусов"

А теперь то-же самое другими "поисковиками вирусов"

А что двух мест не достаточно? Чтобы начать принимать меры.

1)не ходить по порно плохим сайтам. Проверить свой ПК на вирусы, поменять пароли на FTP, далее перезалить файлы cms.
Не хранить пароли о FTP в программе FTP

далее перезалить файлы cms.

Подскажите, пожалуйста, каким образом это сделать? Просто, поверх существующих, перекопировать и всё?

Подскажите, пожалуйста, каким образом это сделать? Просто, поверх существующих, перекопировать и всё?

Всё кроме файла system/config/config.php — это ваши настройки
Вообще сначала все файлы и папки сохраните, в том числе сделайте бэкап базы, а потом разархивируйте поверх с заменой дистрибутив icms.
Восстановите конфиг system/config/config.php и всё у вас должно заработать.