Михаил, чтобы оставить в категории только список подкатегорий, запретите показ в настройках категории отключением опции «Показывать записи из подкатегорий внутри родительской категории». А чтобы в эту категорию 3 не добавляли записи, разрешите добавлять записи только в категории последнего уровня опцией «Разрешить добавлять записи только в категории последнего уровня вложенности»
Это максимум того, что можно сделать «искоропки». Но останется запись «в этой категории нет записей». Ну и показ списка категорий не регулируется для каждой категории в отдельности.
Может помочь создать свои страницы виджетов для категорий, исходя из документации docs.instantcms.ru/manual/widgets/pages
Т.е. указав в положительных масках урлы категорий, и вывести на этих страницах виджет HTML-блок с блоком стилей, скрывающий категории
А так, небольшим компонентом, с доп. полем в таблице категорий в базе + хуком формы редактирования категории, можно добавить новых возможностей управления категориями.
Добавлено спустя 7 минут
Пример похожего простого компонента есть тут instantcms.ru/blogs/skryvaem-pustye-kategorii.html