3159 Россия
248 Беларусь
9908 Украина
277569 Туркмения
9787 Узбекистан
9575 Таджикистан
10968 Эстония
9638 Туркменистан
81 Азербайджан
245 Армения
2448 Латвия
1894 Казахстан
2514 Литва
2788 Молдова
1280 Грузия
2303 Кыргызстан
1012 Германия
5681 США
1393 Израиль
248 Беларусь
9908 Украина
277569 Туркмения
9787 Узбекистан
9575 Таджикистан
10968 Эстония
9638 Туркменистан
81 Азербайджан
245 Армения
2448 Латвия
1894 Казахстан
2514 Литва
2788 Молдова
1280 Грузия
2303 Кыргызстан
1012 Германия
5681 США
1393 Израиль
А потом в три строки убирал лишнее:
DELETE FROM cms_geo_countries WHERE id NOT IN (3159, 248, 9908, 277569, 9787, 9575, 10968, 9638, 81, 245, 2448, 1894, 2514, 788, 1280, 2303, 1012, 5681, 1393) DELETE FROM cms_geo_regions WHERE country_id NOT IN (3159, 248, 9908, 277569, 9787, 9575, 10968, 9638, 81, 245, 2448, 1894, 2514, 788, 1280, 2303, 1012, 5681, 1393) DELETE FROM cms_geo_cities WHERE country_id NOT IN (3159, 248, 9908, 277569, 9787, 9575, 10968, 9638, 81, 245, 2448, 1894, 2514, 788, 1280, 2303, 1012, 5681, 1393)