1. Включить в админке подтверждение e-mail при регистрации(думаю у вас и так оно включено)
2. Зарегистрироваться на сайте как обычный пользователь и не подтверждая регистрацию залогиниться на сайте под этим пользователем поставив галочку "Запомнить меня"
3. Попробовать активировать аккаунт по ссылке в письме
Пользователь уже никогда не сможет активировать свой аккаунт, пока тот не будет удален.
Временно вылечил правкой system/core/users.php, но хотелось бы увидеть исправления от разработчиков. Заранее спасибо!