Дело не в хорошо или плохо.Просто данный софт, насколько я понял служит для ос windows, это как приложение "яндекс диск", например.Изменения локальных файлов ведёт к изменению файлов в он-лайн хранилище.ну хорошо,
Я не совсем понял проблему.Если у вас хостинг, пишите скрипт для бекапа, указываете в нём сколько и чего и привязываете его к крону на хостинге.Или что то не так?а какой вариант предложите?
Можно использовать гит, но он будет напрягать ваш хостинг, а так я делал так — все папки цмс кроме картинок ставлю делать бэкап 3 раза в день, 3 на неделю, 1 на месяц, папку с картинками 1 раз в день, 1 копия на неделю, 1 на месяц. Картинки это то место где у вас наверняка набирается вес сайта.
Да я думаю есть какая-то система контроля версий, например в коде что либо изменил, два бэкапа залил, а там уже подсвечивается, в каком файле что изменено