Устанавливаю сайты и использую общую базу данных, и единую авторизацию. Прописываю пути как и положено по инструкции:
Текущий устанавливаемый сайт располагается по адресу site2 и лежит в /var/www/site2.
Тогда необходимо указать следующие пути:
Папка для загрузок: /../site1/upload/
URL для загрузок: site1/upload