Как обновить Jquery?

Да как бы и проблем то особых нет. Если хотите обновить библиотеку глобально и не знаете что делать, значит нужно в качестве подсказки воспользоваться уже готовым списком изменений, в ином случае можно прицепить новую версию только к "хитрому меню". Как вариант можно скорректировать код этого самого меню, вариантов море, было бы желание.

так же интересно… я понимаю, что все ударились в 1.10.3, но может есть вариант обновить 1.10.1 и подправить то, что нужно? может кто то возьмется?

Полностью согласен!!!

StrongMan, поднимите копию сайта на поддомене — подключите новый jquery + файл jquery-migrate.min.js (который исправит большую часть ошибок при обновлении версии). А там видно будет что сломалось… Я в свое время ставил последнюю версию jquery уже на Инстант 1.9… Но надо смотреть конкретно ваш сайт, что там есть за компоненты, доработки..

Тем более, что сами пишете

У меня уже настолько перепиленный проект

Обновить можно любую версию, для 1.9 самый быстрый вариант озвучил SJen, это заменить саму библиотеку добавить еще либо в шаблоне либо в ядре jquery-migrate.min.js, исправить пару файлов системы js, ну и конечно же лучше всего обновить плагины которые используется, например лайтбокс (хотя это уже не принципиальная задача). Если система перепиленная нужно просто внимательно посмотреть на совместимость используемые плагины, и по возможности обновиться до актуальных версии. Могу сказать по опыту что каким бы не был перепиленный проект обновить jquery займет не больше 2-3 часов.