Вот технические требования к YML-файлу help.yandex.ru/webmaster/?id=1111247
Вам нужно формировать YML файл из Ваших данных.
Кстати, Яндекс принимает и CSV-файлы. А из БД можно экспортировать в CSV. Причем, при экспорте можно настроить таким образом, как вам нужно в PHPmyAdmin (определить разделители и др...). На первый взгляд, думаю проще решение. Попробуйте. В крайнем случае можно формировать отдельную таблицу в БД посредством php-скрипта, чтобы данные файла CSV совпадали с требуемым файлом CSV и потом уже экспортировать.