Если выбрать в облаке тегов, показывать как "Список", то ссылки формируются так: "site.ru/tags/content-0/наш тег", что естественно ведет нас на страницу 404. Возможно была какая-то задумка для списка тегов, но видимо пока не реализовано)
Скачав версию с гита и сравнив system с релизной 2.13.0 нашел отличия. Заменив файлы с отличиями ссылки формируются корректно. По идее править site.ru/templates/default/controllers/tags/widgets/cloud/cloud.tpl.php не требуется. Какой измененный файл помог не разбирался.