Вся прелесть chosen в том, что оно не воспринимает опции с пустым содержанием. Для себя сделал "проще". В 27 строке файла шаблона этого поля добавил allow_single_deselect: true, чтобы стало так:а в 2.5.1 уже низзя.
$('#<?php echo $field->data['dom_attr']['id']; ?>').chosen({no_results_text: '<?php echo LANG_LIST_EMPTY; ?>', placeholder_text_single: '<?php echo LANG_SELECT; ?>', disable_search_threshold: 8, width: '100%', search_placeholder: '<?php echo LANG_BEGIN_TYPING; ?>', allow_single_deselect: true});