Я вам утверждаю, что решение проблемы в двух пунктах, обозначенных выше и даже написал в какую сторону нужно смотреть, если "ioncube loader 100% работает". Значит ваши файлы изменяются посредством копирования по ftp и копирование происходит не в двоичном режиме. Т.е. этот факт косвенно указывает как именно вас могли взломать, если это действительно так.Вы, как специалисты хором утверждаете, что не работает IonCube Loader.
Попытайтесь уже услышать ответы и разъяснения.