skewes,
Всё дело в том, что в движке нет функций, изменяющих тип таблиц. Его можно задать при создании таблицы, но когда таблица уже создана — в InstantCMS тип таблицы не поменять.
Следовательно либо Вы как-то так меняете тип, что он на самом деле не меняется, либо существует какой-то дополнительный код, который Вы добавили сами, который меняет тип таблиц.
Также обратите внимание, что при установке нового сайта не все таблицы в innodb. Те таблицы, которые требуют полнотекстового поиска (например cms_con_articles, cms_con_posts) создаются в MyISAM.