например права на файлы 644/var/www/Сайт1.ру/www/ — Пользователь Сайт1 группа www-data
/var/www/Сайт2.ру/www/ — Пользователь Сайт2 группа www-data
/var/www/Сайт3.ру/www/ — Пользователь Сайт3 группа www-data
это значит что
Права владельца читать писать
Права группы читать
Права всех остальных читать
это говорит о том что находясь в одной группе разные владельцы не имеют права друг у друга "писать", только читать
тоесть одна группа не опасна
например права на папки 755
это значит что
Права владельца читать писать исполнять
Права группы читать исполнять
Права всех остальных читать исполнять
тоже ничего страшного так как находясь в одной группе один владелец не сможет записать чтото другму владельцу так как он не имеет на это права