AlexV, «в коробке» править ничего не надо. В движке есть все механизмы для того, чтобы при правильно написанном дополнении и правильно сделанной теме механизмы наследования работали корректно.
Проблемы вижу только в отказе некоторых дополнений от поддержки шаблона default, из-за чего стили таких дополнений кладутся в modern, и не «подтягиваются» в шаблоны, основанные на default. Это надо узнавать перед покупкой дополнения.
Приводите конкретные примеры… По вашему тексту
вручную перемещать их в нужные папки
это не нужно, если разработчик дополнения корректно пропишет подключение стилей, а в вашем шаблоне корректно указан родитель. Тогда они будут искаться сперва в вашем шаблоне, а когда в нем новых файлов нет, то родительском (default или modern)
Тут часто ошибку допускают сами пользователи, копирую файлы шаблона дополнения в свой шаблон, и забывая это делать в дальнейшем. И при очередном обновлении дополнения что-то работает некорректно, так как в папке шаблона сайта остались необновленные файлы шаблона дополнения.
Стили дополнения можно класть в отдельную папку в виде scss файла, и они будут компилироваться на основе настроек шаблона.