Алексей, по поводу уникальности дизайна и верстки ничего говорить не буду, ибо намного большее значение имеет качество верстки и юзабилити.
Кто бы что не говорил, а качество верстки очень влияет на дальнейшее продвижение. Определение блоков, семантика, отсутствие ошибок, оптимизация картинок и т.д.
А хорошее юзабилити сайта (хороший дизайн) влияет на поведенческие факторы (оговорюсь, не только дизайн влияет на это, однако, если дизайн грамотно проработан, то влияние будет значительным), что соответственно влияет также на продвижение.
webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=11888
Сейчас я провожу эксперимент, до этого тоже было несколько экспериментов, которые указывали, что верстка достаточно влияет на продвижение, чтобы влиять на позиции. Конечно же нельзя забывать о других факторах.
Что касается ситуации проблемы, описанной на форуме, чтобы использовать дефолтный шаблон в качестве основы, нужно сначала этот шаблон привести к правильному виду.
Самое распространенное, что я вижу, очень многие пихают скрипты прямо в файл шаблона, хотя все скрипты должны быть вынесены в отдельный файл.
От себя добавлю, что информационные проекты — там я не очень заморачиваюсь с этим, а вот с коммерческими проектами — заморочиться в сторону качества, желательно.
Ну, а вообще, все ответы на вопросы можно найти здесь:
help.yandex.ru/webmaster/files/recommendations.pdf
help.yandex.ru/webmaster/recommendations/frequent-mistakes.xml
help.yandex.ru/webmaster/recommendations/site-structure.xml
help.yandex.ru/webmaster/recommendations/site-content.xml
help.yandex.ru/webmaster/schema-org/what-is-schema-org.xml
Ну, собственно:
help.yandex.ru/webmaster/for-webmasters/contents.xml