Иначе, как это возможно?
Самая большая дыра в cms — администратор сайта. От него зависит все! Чтоб избежать таких конфузов выполняйте основные правила:
— настройте правильные права на папки;
— используйте нормальный пароль для админа и периодически его меняйте;
— не сохраняйте пароли в браузере;
— не сохраняйте пароли от ftp в клиенте;
— на папку admin установите пароль (будет вам двойная защита);
в принципе это основные правила, может что и упустил. Но если будут выполняться хотя бы эти, все разговоры о "дырявости" движка сведутся к минимуму.