Уберу кнопку для вставки видеороликов с редактора комментариев и проблема будет решена. Просто подумал, что если бы комментарии разбивались по отдельных страницах, у которых бы были отдельные урлы, тогда похожих проблем бы не было. Хотя тогда появляются дубли самой публикации на разных страницах комментариев и нужно знать как google с этим работает.
Или же "вечная прокрутка", правда тоже не знаю как google ее индексирует.
boanro, на хабре, как мне кажется, бывает и поболее комментариев и все грузится вполне приемлемо. Может быть дело не только в комментариях?