Удалил и поменялУдалите в нем parent_id и rating, им там не место. В индексе user_id последней ячейкой должна быть поле date_pub. Поменяйте местами.
SELECT i.*, u.nickname as user_nickname, f.title as folder_title FROM cms_con_anec i FORCE INDEX FOR ORDER BY (date_pub) INNER JOIN cms_users as u FORCE INDEX (PRIMARY) ON u.id = i.user_id LEFT JOIN cms_content_folders as f ON f.id = i.folder_id WHERE (i.is_parent_hidden IS NULL) AND (i.rating > '-20') AND (i.is_deleted IS NULL) AND (i.is_pub = '1') ORDER BY i.date_pub desc LIMIT 0, 30
1 SIMPLE u ALL PRIMARY NULL NULL NULL 1887 Using temporary; Using filesort
1 SIMPLE i ref dataset_best,dataset_random,date_pub,user_id user_id 7 neos_1.u.id,const 1 Using index condition; Using where
1 SIMPLE f eq_ref PRIMARY PRIMARY 4 neos_1.i.folder_id 1 Using where
Не могу сказать, что понял в чем дело, но сейчас попробую поэкспериментировать.
Может мне попробовать создать тип контента заново, чтобы все поля и индексы создались автоматически, а потом перенести туда только данные?

