www-data это не права, а владелец, от которого работает вебсервер.
Следовательно папки и файлы созданные им, будут иметь этого владельца, и это нормально.
Ну да, имелось ввиду права на файлы принадлежат www-data, а не user. — другое дело Почему раньше сохранялись файлы от user а теперь стали от www-data? На этом же сервере под другим пользователем есть ещё один сайт на инстантe — там стоит пхп — как апач и сохраняется как и положено не под www-data, а php — как cgi вообще не работает)))
странно что раньше не замечал, просто недели назад права ужесточил на файлы после того как безследно пропали несколько картинок с правами 777 из upload/blog(физически с сервера) вот файлы созданные www-data и перестали читаться.