А при чем здесь цсс префикс?) Добавьте свой инпут в файл \admin\applets\modules.php, с 511 строки посмотрите код.
<div>
<input name="css_prefix" type="text" id="css_prefix" value="<?php echo @$mod['css_prefix'];?>" style="width:154px" />
</div>
Меняете префикс на свой. Запускаете поиск по файлу css_prefix, и находите все строки, где он присутствует, к примеру вот:
$css_prefix = cmsCore::request('css_prefix', 'str', '');
Ну и еще есть в нескольких местах в if ($do == 'submit'){ и if ($do == 'update'){
Потом в БД в модулях добавляете новую табличку по значениям такую же как и title скажем. И все. Это так, вкратце, что да как. Я себе так делал разноцветное меню на сайте, дабы каждый пункт был другим цветом) Может и не лучшее решение, но имеет право на существование) Как не крутите, то костыль надо, то апплет дополнительный, то еще что)