Fuzler

Первое с чего стоит начать:
1. Зарегистрировать группы VK, Twitter, G+, Facebook ( остальное на выбор)
2. Настроить кросспост в социалки. Можно через RSS, тогда вам только сюда или постер контента. Последний пока не знаю насколько хорошо работает, но выглядит многообещающим.
3. Поставьте и настройте Ping сервисы.
4. Настройте микроразметку на сайте.
5. Начинайте максимально заполнять сайт уникальным контентом. Не забывайте про добавление уникального текста до публикации в "Оригинальные тексты" в панели вебмастера Яндекс. Текст должен иметь заголовки H1-H3 обязательно. Обязательно картинки с прописанными alt.
Дальше:

Всем мира и добра.

Посоветуйте как лучше выгрузить список всех url?

Самое простое — sitemap.xml
К сожалению, я только начинаю знакомиться с instantcms, поэтому лучшего решения вам не предложу.

А ничего, что в htaccess будет длинная портянка? Сайт из-за этого тормозить не будет?

Ограничений по количеству и размеру я нигде не видел. Сайт из-за этого не тормозит. У меня был порядка 30kb.

Если собираетесь делать это на постоянной основе — могу рассказать один хитрый способ вывести дату публикации в редактирование новости.

Очень нужно на постоянной. Т.е. на данный момент есть несколько тысяч новостей, у которых необходимо исправить дату публикации.

Это для статей, я так понимаю. У меня более 5000 статей и каждую из них по одной прописывать?

Это не является проблемой. Можете, используя тот же Notepad++ без проблем все сделать за пару минут.
Я бы советовал однозначно сделать редирект для каждой из ссылок. Срок жизни данного редиректа должен быть от 2 лет. Т.е. в течение этого времени его снимать не стоит.

А для разделов какой редирект сделать?

RewriteRule ^(.*)nazvanie-razdela(.*)$ /board$1 [QSA,L,R=301,NC]
-это должно решить проблему редиректа как папки так и статей всех при условии что названия статей одинаковы.

И как включить модули?

Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on

Возможно в помощь будут генераторы редиректа: генератор 1, генератор 2

Если у меня, условно говоря, будет 500 статей, из которых 40-50 с тематическими ссылками на нормальные ресурсы — это много или перебор? Есть ли здесь критерии или Яндекс в этом смысле малопредсказуем?

Добрый день.
Вреда никакого не будет если вы не поставите дело на поток. Т.е. все возможные биржи по обмену ссылок: Sape и т.д. однозначно не стоят того.
Все известные блогеры, тематические площадки живут за счет рекламы.
Очень важно — не переборщить с рекламой. Т.е. если вы в будущем планируете разместить баннеры с рекламой, то обязательно они должны быть в блоке "Реклама". Т.е. ровно так же, как показывается контекстная реклама от самих Гугл и Яндекс. Желательно, вместо банерообменных сетей и самостоятельных вставок кода, использовать решения от тех же [Yandex, Google. Тогда точно проблем не будет. Но важно — не переусердствовать.
Что же качается исходящих ссылок в статьях, то желательно чтобы их в идеале было не более 1 на весь текст). Текст должен быть читаем и нести полезную информацию. Очень важно чтобы присутствовала тематичность как самого текста, так и исходящей ссылки. Идеальным будет возможность закрыть ссылку атрибутом rel="nofollow" ( подробнее тут). Однако многие не согласятся с этим, т.к. считается что вес при использовании "nofollow" не передается и поисковик не переходит (т.е. "выхлоп" от такой ссылки нулевой). Правда, это никогда не останавливало Гугл и Яшу 😉
Очень важно перед публикацией такой статьи проверить ее на уникальность и, если она с высоким %, то добавить ее в "Оригинальные тексты" в панели вебмастера 😉

Добрый день. Попробуйте так:
Redirect 301 /nazvanie-razdela/nazvanie-stati sait.ru/board/nazvanie-stati.html
или
Redirect permanent /nazvanie-razdela/nazvanie-stati sait.ru/board/nazvanie-stati.html

Не забудьте включить модули mod_alias (для поддержки директив Redirect, RedirectPermanent и RedirectMatch) и/или mod_rewrite (для использования реврайта) в php.ini.