Это пустые подкатегории, я ничего в них ни разу не заливал
Потому, что с категориями, в базе, связаны и записи. Вы категорию удалили, а её номер указан в записи. Вот вам и косяки.если просто из бд удалять, то появляются косяки в интерфейсе. меню, например, слетает, где вызывается {content:news}
Тем более в инстанте при удалении категорий удаляются и записи в них, поэтому ошибок быть не может