@Dae, да, напишите подробнее, с чего началось, как вышли на эти два файла, чем они отличались и т.д.
Сайт дефейснули: вместо главной — белая страница с одной только надписью "hacked". Внутри index.php — эта самая надпись, больше ничего. Я заменил index.php на тот, что был в древнем бэкапе (он идентичен дистрибутивному), но сайт не завелся, сначала долго загружается страница, потом ошибка "memory exhausted". Если увеличить memory_limit с 128M до 8GB (на сервере памяти достаточно), то появляется ошибка maximum execution time. Если увеличить max_execution_time до 10 минут, то опять "memory exhausted". При обращении к админке все те же ошибки. Очевидно, что движок запускает какие-то тяжелые процессы. Через find. --mtime -1 стало понятно, что злоумышленники также шарились по папке templates, но я не нашел других модифицированных файлов, кроме index.php.
Думаю, нужно попробовать запустить без вспомогательных папок, как Вы писали выше. Но лучше всего будет, если это хозяйство вживую посмотрит человек, знакомый с данной CMS. Мне написала пара человек в личку, я им сейчас отвечу.