Красиво или не красиво — это одна вещь! А вот когда вам шелл заливают или другим способом уничтожают сайт, то тут пытаешься уже искать все дыры и используешь все возможные способы.
К тому же, элементарно, не красиво по отношению к разработчикам… :(
А о том, что это инстант итак сразу видно, зайдя на сайт — и абсолютно все равно какой там шаблон висит.