Так посмотреть что там изменяется, и поменять руками в дампе. Хоть на сервере, хоть локально.
Там же идет не только перекодировка из 1251 в UTF, а изменение в фаиле мускла, тех же индексов в таблицах и куча других вещей
Я миграцией на InstantCMS ни разу не пользовался, все вручную переносил.