Два уровня — это нормально, но если хотите избавиться от второго уровня, тогда в свойствах надо каждой категории первого уровня создать поле список и в него внести названия второго уровня. В записях второго уровня появится поле список с вашим названием поля. Потом заходим в каждую категорию второго уровня и в каждой его записи в этом поле отмечаем необходимый пункт."Есть к примеру 20 основных категорий и в каждой от 5 до 20 дочерних." — 2 уровня.
Не забыть вывести его в фильтр и открыть фильтр в нужном месте.
Извиняюсь если запутанно написал..., но где то так оно и делается.