Проблема исчезает если поправить в коде
static function savePermissions($subject, $perms){ ... foreach($values as $group_id => $value){ $model->unlockFilters(); //Добавлено чтобы исправить глюк с удалением прав. $model->resetFilters(); //Добавлено чтобы исправить глюк с удалением прав. $model->filterEqual('subject', $subject) ->filterEqual('rule_id', $rule_id) ->filterEqual('group_id', $group_id) ->lockFilters(); .....