Вариант 1 реализации вашей задачи: Загружать страницу с открытым окном уведомлений при их наличии.
Вариант 2: Аяксом спрашиваем сервер о наличии новых сообщений, на сервере соответствующая обработка, при наличии открываем посредством JS окно уведомлений со всеми вытекающими обстоятельствами.
Реализовали и теперь работаем с багами. Допустим вы активный пользователь сайта с подобной реализацией и порой необходимо держать открытыми несколько страниц под одним аккаунтом, в результате вы получаете открытым окно уведомлений на каждой такой странице, игнорирование не проходит приходится закрывать, впоследствии данный момент вас устанет. Вывод: необходима реализация закрывания окна уведомлений.
Ну как то так, в двух слова )), Удачи.