У каждого сайта должен быть еще свой собственный контент!
И это предусмотрено. Разрешить добавлять, например, фотоальбомы только со страницы поддомена, на основном сайте отключить показ списка. Всё! Каждый поддомен имеет свой собственный контент, которого нет больше ни на одном из поддоменов и даже на центральном сайте. Но также есть общая информация, которая может быть на любом сайте из сети.
они основываются на общем использовании баз данных.
Если я правильно Вас понял из самых первых сообщений и этого, Вы предлагаете всё усложнить — у каждого сайта своя файловая система и бд, но все они могут пользоваться еще и общей базой с центрального сайта. Я тоже так раньше думал. Но я предлагаю сделать то же самое, только проще для управления, с более простым кодом. А значит это будет работать быстрее, точнее, стоить дешевле и потребует минимум настроек. Итоговый результат этого варианта практически не будет отличаться от Вашего, но будет проще и доступнее. Соответственно, будет стоить дешевле, его будет проще поддерживать разработчику. А это и стабильность в том числе.
Я недавно переписал всё описание. Прочтите заново, там некоторые моменты были изменены, а некоторые дополнены.