у вас 5.3 а не 5.4Открыл, посмотрел php.ini. В самом деле подключено
zend_extension = путь/ioncube_loader_lin_5.3.so
zend_extension_ts = путь/ioncube_loader_lin_5.3_ts.so
я тоже так же подключил для 5.4 и удалил вообще zend
вроде модули подключились, если все заработает будет замечательно