Подскажите возможно ли во второй ветке инстанта выводить контент в отдельном шаблоне? (не категории а именно уже саму запись)
и переименуйте в templates/шаблон/content/типконтента_item.tpl.php,
например templates/default/content/board_item.tpl.php.
В нем уже делайте правки.
Этот файл будет выводить записи для того типа контента, системное имя которого указано в названии файла:
board_item.tpl.php — доска объявлений,
news_item.tpl.php — новости
и т.д.