Единственный минус, это при обновлении стороннего компонента, если есть изменения в структуре БД, то придется произвести это обновление на всех поддоменах где он установлен.
Вот про этот минус я и говорю. Вы знаете какие компоненты или их обновления могут изменить структуру БД?
С единой базой при обновлении/установке сторонних компонентов файлы обновятся на всех сайтах, а база только на одном. Файлы будут ожидать данные определенного формата от БД и не получив их могут выдать фатальную ошибку, прекратив в целом доступ к админке необновленного сайта. И потом без танцев с бубном остальные сайты не обновить. Плюс работая с одним сайтом (устанавливая компоненты и настраивая сруктуру) вы не увидитенадругом сайтеизменений или проблем. А когда заметите, вы возможно и не вспомните, что «ковыряли» условную неделю назад на одном из сайтов и не сможете сопоставить свои действия недельной давности с обнаруженной сегодня проблемой. Как будетет исправлять? Чтобы этого избежать, надо держать в штате программиста, чтобы он сразу мог решать проблемы по мере их обнаружения, а не искать фрилансера и ждать, когда он сможет устранить вашу проблему.
В любом случае обновить сторонний компонент на десятках поддоменов намного проще и быстрее, чем «ворочать» всю базу и пилить функционал для отслеживания поддомена.
Имея разные базы, в чем проблема иметь и разные файлы? Так же легко можно обновить и файлы обновляя сторонние компоненты. Но при этом проблемы одного сайта никак не будут влиять на другиие сайты.
Достаточно вывести в админке ссылки на свои сайты/поддомены и настроить сквозную авторизацию, вот вам и мультисайтинг ))