В любом случае:
— Копируем папку с темой, переименовываем ее, переименовываем пути.
— options.form.php меняем formDefaultTemplateOptions на formТемаTemplateOptions
— system\languages\ru\templates\тема.php — создаем и правим все термины типа LANG_DEFAULT_THEME_BG на LANG_ТЕМА_THEME_BG
— файлы вроде templates/тема/profiles/options.form.php тоже корректируем.
Еще есть такой момент: если устанавливается компонент, то у него пути как правило в дефолтную тему. Можно поправить, если есть какие-то изменения, которые компонент может использовать.
Также если устанавливаем просты дополнения типа полей — надо указывать пути до своей темы и в файлы языковые вносить изменения, если это требуется.
Теоретически можно что-то упустить и оно будет работать норм (какие-то значения будут браться из дефолтной темы), но при значительном изменении шаблонов, добавлении полей и т.д. лучше конечно все ссылки перевести на новую тему.
Но по сути вопроса, если не требуется значительная переделка именно шаблонов (например вы хотите полностью изменить вывод списков какого-то контента, переделать файлы профиля пользователя значительно и т.д.) — гораздо разумнее и спокойнее подключить свой css файлик и в него вносить все изменения.
Еще инфа есть тут:
docs.instantcms.ru/dev/templates/overview
и весь этот раздел можно почитать.
Но собственно простого мануала для создания темы с нуля со списком файлов для правки в принципе нет.