Ну к примеру вы создали раздел меню… И вам нужно его поднять вверх, и что тыкать сколько там раз на подъем его? А в двойке перетянул и все...
Позвольте спросить, а как часто вы создаете разделы в меню и перемещаете их вверх. Наверняка каждый день и в день по несколько раз.

Да и меню у вас из 100 пунктов и даже больше
Поверьте, есть более затратные по времени моменты в создании и настройке сайта чем создание пункта в меню и изменение его порядка.
Конечно, я не спорю что это удобно, красиво и современно, но делать свой выбор в пользу двойки только из-за этого — не правильно.
Для меня все это, как я уже говорил, "рюшечки" без которых легко можно обойтись. Намного большее значение имеет функционал системы и ее "допиленность" до нормального состояния. С допиленностью конечно у обоих проблемы, а вот по функционалу первая ветка бесспорно опережает вторую.
Лично у меня есть сайт на первой версии и сейчас уже почти готов сайт на второй. Мне есть с чем сравнить.
А еще, я недавно для себя открыл по второму кругу WP (когда-то давно у меня был сайт на этом движке, но сейчас очень многое изменилось) и буквально офигел от его возможностей, удобства и огромнейшего количества плагинов, дополнений и тем. Только вот нормальной доски объявлений так и не смог подобрать, поэтому все-таки решил сделать сайт на второй ветке instantcms, к тому же в добавок к доске мне нужно было наличие функционала социальной сети. А в остальном, сделал для себя однозначный вывод — все новые сайты буду делать только на WP.
Кстати, поюзав WP обнаружил что разработчики instantcms скорей всего черпали некоторые идеи именно с этого движка