В PHP и MySQL не рублю совершенно, не мой профиль, а подсказать в данный момент некому.
Я так понимаю, что в таблицу cms_modules нужно добавить ещё один столбец, например, css_prefix_new. Затем где-то в каком-то файле/файлах бэк-энда добавить <input name="css_prefix_new"… >

Научите, плиз, кто-нибудь.
Или хорошо бы сделать плагин, который автоматом добавлял бы к модулям дополнительный css-префикс. В таком случае, озвучивайте цены и сроки.