Нормально ли если в Гугл сайт без www а в Яндексе с www?

Не нормально.
Главное зеркало должно быть одно, настроить 301 редирект и прописать в robots.

А в htaccess лезть надо?

В Гугл главное зеркало по умолчанию стоит без www предлагаете изменить на с www а в роботсе поставить дерективу Host с www?

Не нормально.
Главное зеркало должно быть одно, настроить 301 редирект и прописать в robots Host.

 Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.ru/$1 [R=301,L]  

верно?

не забывайте,

  AddDefaultCharset utf-8
Options -Indexes
 
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^.htaccess$ - [F]
 
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\.(ico|css|js|txt)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^/admin
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^/migrate
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^/install
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
 
RewriteRule ^(.*)$ /index.php [L]
     Options +FollowSymLinks
 
    RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site\.ru$ [NC]
    RewriteRule ^(.*)$ http://site.ru/$1 [R=301,L]   

Вроде все правильно, проверяйте, точнее правильно вписано, но...

У вас вписано с без www на без www. поправьте

правильно зеркало выбрали

А что за панель такая — ВМ (если имеете в виду панель веб мастера, то да в каждой панели указал домен с www).

А что за панель такая — ВМ (если имеете в виду панель веб мастера, то да в каждой панели указал домен с www).

Именно ее и имел ввиду.